醫用污水處理設備的運用原理就是采用各種技術和手段，將污水中所含的污染物質分離去除、回收利用或將其轉化為無害物質，使水得到凈化。現代污水處理技術按原理可分為物理處理法化學處理法、生物處理法三類；按處理程度劃分，可分為一級處理、二級處理和三級處理，三級處理又稱深度處理。

   物理處理法是利用物理作用分離污水中呈懸浮國體狀態污染物質的方法。主要方法有：格柵截留法、沉淀法、氣浮法和過濾法等。

   化學處理法是利用化學反應的作用分離回收污水中各種污染物質的方法，醫用污水處理設備只要用于處理工業廢水。主要方法有：中和、混凝、電解、氧化還原、汽提、萃取、吸附和離子交換等

   生物處理法是利用醫用污水處理設備中的微生物的代謝作用使污水中呈溶解、膠體狀態的有機污染物轉化為穩定的無害物質的方法。主要方法有好氧法和厭氧法兩大類，好氧法廣泛應用于處理城市污水及有機性工業廢水，厭氧法則多用于處理高濃度有機廢水與污水處理過程中產生的污泥。